La primo-infection débute par une infection des cellules épithéliales, symptomatique ou non, puis par l'infection des cellules nerveuses sensitives innervant le territoire cutané. Le virus reste alors latent dans le ganglion sensitif correspondant. Une réactivation périodique est possible, sous forme d'excrétion virale asymptomatique ou de récurrence symptomatique.

En France, la prévalence de HSV1 et HSV2 serait chez l'adulte de respectivement 67 % et 17 %. Il y aurait plus de 36 000 nouveaux cas d'herpès génital et plus de 270 000 personnes souffrant de récurrences génitales chaque année. La notion selon laquelle HSV1 toucherait exclusivement le visage et HSV2 la sphère génitale est de plus en plus discutée.

Certaines formes sont plus graves, dont des gingivostomatites avec impossibilité de s'alimenter et de boire, et des herpès génitaux avec rétention aiguë d'urine. (Voir aussi Cas particuliers.)