L'aménorrhée secondaire est définie par l'interruption des cycles menstruels depuis plus de 3 mois chez une femme non ménopausée et préalablement réglée. Cette Reco ne traite pas de l'aménorrhée primaire, définie par l'absence de cycle menstruel chez la fille de 16 ans avec ou sans développement pubertaire.
L'aménorrhée secondaire est le plus souvent la conséquence d'une pathologie acquise (hyperprolactinémie, déficit gonadotrope ou insuffisance ovarienne, syndrome des ovaires polykystiques). Une anomalie génétique est néanmoins possible, surtout si l'aménorrhée a été précédée d'une spanioménorrhée (allongement de l'intervalle séparant les règles). La présence d'une maladie chronique digestive, rénale, ou d'une pathologie cardiaque congénitale peut aussi être à l'origine d'une aménorrhée secondaire.
Une carence estrogénique (insuffisance ovarienne précoce, insuffisance gonadotrope, etc.) peut avoir un retentissement sur la minéralisation osseuse, avec au maximum la constitution d'une ostéoporose. Il existe aussi un risque de retentissement sur la trophicité vaginale et sur la libido. L'aménorrhée étant le reflet d'une altération de l'axe gonadotrope, les patientes ont également souvent une infertilité.