Le RGO peut être associé ou non à des anomalies anatomiques de la jonction oesogastrique. L'agression de la muqueuse oesophagienne par l'acidité gastrique est un facteur d'oesophagite.

La prévalence du pyrosis dans la population occidentale se situe entre 5 et 45 % : 5 à 10 % pour un épisode journalier, 30 à 45 % pour un épisode au moins mensuel. Le RGO est souvent une affection chronique : deux tiers des patients se plaignent encore après 5 à 10 ans.

Le RGO peut se compliquer d'oesophagite peptique, qui peut entraîner des douleurs chroniques, une hémorragie, une dénutrition. La sténose peptique et l'endobrachyoesophage sont des complications rares, mais sévères, du RGO. L'endobrachyoesophage est défini par une métaplasie de type intestinal de la muqueuse du bas-oesophage, ce qui augmente de 30 à 40 fois le risque de développement d'un adénocarcinome oesophagien par rapport à la population générale. Une surveillance endoscopique régulière est dans ce cas indispensable.