La transmission est interhumaine, aérienne, favorisée par la toux et l'expectoration de sujets infectés. La lésion primaire est un granulome résultant de la phagocytose des bacilles après inhalation. La migration de macrophages vers les ganglions satellites crée le complexe gangliopulmonaire de la primo-infection tuberculeuse. Le plus souvent inapparente, celle-ci guérit spontanément dans 90 % des cas (moins fréquemment chez des patients immunodéprimés, VIH en particulier). Les sujets présentent alors une « tuberculose-infection » dite encore « latente ». Chez les 10 % restant (30 % pour les patients immunodéprimés), une tuberculose active va se développer. C'est la « tuberculose-maladie ». Dans les ¾ des cas environ, le poumon est seul atteint.

L'incidence de la tuberculose-maladie était, en 2007, de 8,9 cas annuels pour 100 000 habitants. Mais ce chiffre atteint 18,4 en Ile-de-France et 48,4 à Paris. Les populations vivant dans des conditions difficiles sont les plus touchées : SDF, migrants.

La mortalité de la tuberculose est de l'ordre de 50 % en l'absence de traitement ; ¼ des cas peuvent guérir spontanément, le dernier ¼ évolue sur un mode chronique, jouant un rôle majeur dans la dissémination de la maladie. Sous traitement adapté, la mortalité de la tuberculose-maladie reste proche de 10 %.