L'altération immunitaire est liée à l'intensité de la réplication virale appréciée par l'ARN VIH plasmatique (charge virale) et à la déplétion en lymphocytes CD4. La plupart des manifestations opportunistes surviennent lorsque le taux des CD4 est inférieur à 200/mm3. Sans traitement, le taux des CD4 baisse en moyenne chaque année de 50/mm3, conduisant au stade de sida en 10 ans (médiane), avec d'importantes variations interindividuelles. La transmission est sexuelle, sanguine ou maternofœtale.

En 2008, le nombre de personnes infectées était estimé à environ 152 000, dont 57 % sous traitement antirétroviral et 34 600 au stade sida. Quelque 6 500 personnes ont découvert leur séropositivité en 2008, en majorité contaminées par rapports hétérosexuels. Le taux d'incidence reste très élevé chez les homosexuels, de l'ordre de 1 %. La morbidité et la mortalité se diversifient : vieillissement de la population atteinte, fréquence élevée des FDR cardiovasculaire et des cancers.

Elles sont principalement infectieuses et tumorales, liées au déficit immunitaire. Elles sont aussi liées aux effets secondaires des médicaments et à l'aggravation de certains risques (cardiovasculaires, métaboliques, osseux, musculaires, cognitifs) en partie dus à l'augmentation de l'espérance de vie.