La CA est une infection de la vésicule biliaire et de son contenu, le plus souvent due à une obstruction du canal cystique par une lithiase, plus rarement par une tumeur. Les rares cas de CA alithiasiques peuvent survenir dans des états de choc ou d'infection bactérienne, souvent sur un terrain particulier (diabète, immunodépression, etc.). L'AA est une infection de la voie biliaire principale consécutive à son obstruction (lithiase du cholédoque dans 90 % des cas). Elle peut aussi être due à une tumeur ou une malformation des voies biliaires, à une tumeur ou un pseudokyste du pancréas, à un ampulome de Vater, voire à une intervention chirurgicale, à un cathétérisme des voies biliaires ou à une fibrose de la tête du pancréas. Les germes en cause sont aérobies (E. coli, entérocoques, klebsielles) ou anaérobies.

On estime que près de 10 % des adultes européens ont une lithiase des voies biliaires. Ce chiffre atteindrait 60 % à l'âge de 80 ans. L'incidence annuelle des infections des voies biliaires est de l'ordre de 0,2 à 0,8 % chez les patients porteurs de lithiase.

Elles peuvent être locorégionales ou générales (septicémie). L'obstruction biliaire peut également être à l'origine d'une pancréatite aiguë. À l'inverse, une pancréatite aiguë peut se compliquer d'une nécrose favorisant la contamination bactérienne des voies biliaires.